1993年以后，江海堤防由3个堤防涵闸管理所分片PG电子 PG电子平台管理。通东堤闸管理所管护的海堤，北起与如东交界的遥望港，南至与海门交界的鲜鱼港（旧称歇御港），共16.16公里。通西堤闸管理所管理的江堤共15.03公里，另有7.81公里的开沙洲堤以五接乡管理为主，通西堤闸管理所给予业务指导。通海堤闸管理所管理的江堤共8.83公里，其中营船港2.09公里的港堤、新开闸以东2.38公里的江堤由堤闸管理所直管，张芝山二号滩和江边渔场4.36公里的堤防分别由张芝山镇和江边渔场管理为主，通海堤闸管理所给予配合。1994—1997年围垦的水山船厂4.18公里围堤，由通州港区和水山船厂自行管理。经过几次行政区划调整，2002年后，通西堤闸管理所负责管护的江堤，西起与如皋交界的碾砣港、东至九圩港口（亚华船厂段除外）共12.83公里。通海堤闸管理所管护的江堤为营船港和新江海河的港堤共2.69公里。
2002年前，日常堤防管理工作，各所一般都按职工人数划分管护堤段，负责在汛期或大雨过后巡查堤防，填塞雨淋槽沟，工作要求不具体，责任不明确，难以进行考核评比，存在“吃大锅饭”现象。2003年实施水利工程管理体制改革后，将堤防管理工作与养护工作分离，组建堤防养护队，明确养护内容和标准，确定养护经费。养护队作为水管单位的内设机构，人员属水管单位的在职在编人员，养护队与水管单位签订责任状，负责完成规定的工作任务；水管单位按责任状要求检查验收，并根据考核结果确定奖惩。2005年7月，通西堤闸管理所进行堤防养护工作市场化运作试点，使堤防管护逐步走向市场化、规范化。
1993年，通西堤防涵闸管理所直管的穿堤涵闸有小李港闸、捕鱼港闸、新捕河闸、崔马圩涵洞、公字涵洞、大李港涵洞、虹桥涵洞，内河控制水工建筑物有云台山套闸、东风套闸。开沙洲堤穿堤的开沙涵洞、枕头沙涵洞、九一圩涵洞，由五接乡管理为主，通西堤闸管理所兼管。1998年，开沙岛枕头沙涵洞因出险封堵。1999年，重建公字涵洞，设计时考虑到公字涵洞与崔马圩涵洞相距较近，水系相通，便加大了公字涵洞引排流量系数，将崔马圩涵洞填塞封堵。2002年5月，虹桥涵洞划归南通市。2002年6月以后，通西堤闸管理所直管的涵闸有小李港闸、新捕河闸（捕鱼港闸报废）、公字涵洞、大李港涵洞、云台山套闸、东风套闸，兼管的有开沙涵洞、九一圩涵洞。
通海堤闸管理所原来直管的穿堤涵闸有营船港闸、新开闸，内河水系控制建筑物有双桥套闸、小海套闸等。穿堤的江边渔场涵洞由江边渔场管理为主。内河控制建筑物庙桥闸、先锋闸、朝阳闸、东沙套闸委托所在乡镇管理。2001年4月行政区划调整后，通海堤闸管理所管理的水闸有营船港闸、双桥套闸。当年7月，新江海河闸由海门市移交给通州市，市水利局决定将该闸归通海堤闸管理所管理。
通东堤闸管理所直管的穿堤建筑物有团结闸、遥望港闸、新中闸、恒兴涵洞、纳潮涵洞、排淡涵洞、老盐场涵洞（海丰涵洞于1997年封堵）。三余地区水系分级控制涵闸共29座，其中三余南套闸、三余北套闸、恒东套闸等3座套闸，由通东堤闸管理所直管，其余26座委托所在乡镇代管或由乡镇管理。乡村范围内引排调节涵闸共38座，都由所在乡镇、村管理。
实施江海堤防达标前，原有涵闸大多设计标准低，运行时间长，设备老化。经1993—1999年达标建设，通西主江堤涵闸都进行了改造，通海的营船港闸、新江海河闸、双桥套闸也予以重建。同时，水闸管理设施建设逐步趋向景点化、现代化。通西的新捕河闸、小李港闸，通海的营船港闸、新江海河闸、双桥套闸，通东的遥望港闸、团结闸、新中闸等都新建了造型别致、富有现代气息的管理、办公用房。通海的3座中型水闸还配置有自动化控制系统。营船港闸、新江海河闸、双桥套闸、小李港闸、新捕河闸等闸管区内，绿化景观基本达到园林化要求。
水利工程管理体制改革后，市水利局制订《水管单位考核（千分制）实施办法》，对水管单位进行年度考核，水管单位对职工进行日常考核；年度考核与各所除工资以外所有津贴及奖励挂钩，日常考核与职工月工资总额的80%挂钩，从而使管理、运行、养护等各项工作效率显著提高。2001—2005年，省内外先后有20多个水管单位的代表到通州市观摩交流。
市水管单位直管的涵闸管理工作虽然基本到位，但由有关镇自行管理的内河水系控制涵闸及相关建筑物大多管理不善。2001年，市水利局对三余地区调查，其连接九吕水系的控制水闸和进行内河调控的建筑物，有不少已经破损，难以正常运行。在26座由镇代管或直管的涵闸中，完好的仅3座（忠义闸、新星闸、茂芳闸），基本完好的7座（同兴西闸、同兴中闸、三马涵洞、六甲涵洞、东南涵洞、新高涵洞、东余涵洞），损坏严重的12座，报废的4座（茂芳老闸、永兴涵洞、翻身涵洞、老海防涵洞）。
2006年，新江海河闸被列为南通地区争创省一级水管单位的重点试点单位，通海堤闸管理所按水利部及省水利厅要求，从组织管理、安全管理、运行PG电子 PG电子平台管理、经济管理四个方面开展工作，从软件的整改到硬件的完善，逐条对照标准找差距，还组织人员外出学习取经。当年12月29日，省水利厅专家组对该所进行全面考核，最终以922分（满分为1000分）的成绩晋升为省一级水管单位（南通地区第一家）。2008年2月23日，水利部部长陈雷，在副省长黄莉新、省水利厅厅长吕振霖及南通市委书记罗一民、市长丁大卫的陪同下，到新江海河闸管所视察，对该所的管理工作给予高度评价。
境内河道及相关的水利工程设施管理，均按照工程受益和影响范围，实行统一管理与分级管理相结合、专业管理和群众管理相结合，一、二级河道及配套建筑物由市水利部门统一管理，三、四级河道及配套建筑物由乡镇水利站或村民委员会负责管理。20世纪90年代以后，河道淤积、农桥损坏的问题日渐突出，市水利建设所每年都要对河道淤积情况进行调查，将淤积严重的一、二级河道列入下年度疏浚计划。各水利站也对所管理的三、四级河道淤积情况进行调查，由乡镇、村负责疏浚。从2000年起，市水利局每年都组织工程技术人员，对全市所有农桥状况进行调查登记，建立动态档案，本着先急后缓的原则，分期进行改造。跨通吕运河的兴仁大桥、正场大桥、金余大桥、新江海河口桥等先后出现险情，市水利局领导及工程技术人员及时到现场勘察，研究、制定除险加固措施，其中兴仁大桥、正场大桥确定改建，新江海河口桥予以拆除，金余大桥在维修加固后于桥两端设置限载钢管栅栏。2001年9月，通扬运河上的任口大桥被一铁驳船撞坏倒塌，市水利、交通、公安等部门相互配合，在对事故处理后，于2002年进行重建。2001年下半年，全市一、二级河农桥桥头全部树立荷载、限载标志，危桥树立“危险桥梁”标志。2001年末，市成立河道堤闸管理中心，负责一、二级河道及其农桥的管理，市水利建设所负责三、四级河道及农桥的行业管理。
2006年起，河道疏浚与整治同步实施，并制定管理制度，落实管理人员和经费。2007年出台《通州市村庄河道长效管理实施办法》，在全市94个项目村树立河道长效管理公示牌，接受群众监督。2009年3月，对全市农村所有等级河道进行集中整治，做到河面无飘浮物、无水花生、河坡无杂物、河滩无陈年芦苇、桥上桥下无生活垃圾。整治后的河道每条河都树立公示牌，落实管理主体，明确目标责任，建立考核制度。
