南水北调工程是实现我国水资源优化配置、促进经济社会可持续发展、保障和改善民生的重大战略性基础设施。
2002年12月27日，东线日，中线一期工程开工，拉开了南水北调工程12年建设的序幕。
南水北调工程是一个系统工程，不仅包括水利工程建设，还涉及征地移民、治污环保、文物保护等工作领域，工程建设任务重大而光荣，各种考验艰巨而严峻。
工程建设，征迁先行。东、中线万丹江口库区移民“四年任务、两年完成”，年度移民强度为水利工程移民史上最大。
国务院南水北调办建立了“建委会统一领导，省级人民政府负责，县为基础，项目法人参与”的移民征迁管理体制，实行“移民任务与资金双包干”，充分发挥地方政府的主动性和积极性。明确了库区移民“四年任务，两年完成”的目标，建立了移民信访重要事项督办制度。对丹江口库区移民率先实行16倍耕地补偿标准，采取大分散小集中、整建制的有土安置方式。河南、湖北两省组建了领导有力、运转高效的移民安置指挥体系，形成了共同参与、齐抓共管、合力攻坚的工作格局。
河南、湖北高起点规划、高标准设计，集中全省力量，整合相关资源，采取了一系列倾斜性惠民措施，把移民新村建设成为当地社会主义新农村的示范村。坚持群众路线，尊重移民意愿，实行政府监督、中介监理、企业自控、移民参与“四位一体”的质量监督体系，确保移民新村建房质量。
2010年6月，开始大规模集中搬迁。2011年12月20日，涉及湖北、河南两省的南水北调丹江口库区大规模移民搬迁基本完成，实现了国务院南水北调工程建设委员会第四次会议提出的移民搬迁“四年任务、两年基本完成”目标，创造了我国水利移民史上的奇迹。
移民搬迁安置后，国家发展改革委、水利部等14个部门联合印发《关于促进库区和移民安置区经济社会发展的通知》，进一步建立健全部门协调机制，在安排年度投资计划时向库区和移民安置区倾斜，优先安排库区和移民安置区经济社会发展项目，重点解决其他投资渠道难以覆盖的库区和移民发展问题。
2012年，国务院批复《丹江口库区及上游地区经济社会发展规划》，规划安排了一批水源区生态安全、产业结构调整、基础设施建设等领域的重点项目。河南、湖北两省认真贯彻落实《国务院关于完善大中型水库移民后期扶持政策的意见》，对农村移民每人每年补助600元，从搬迁之日起扶持20年。制定移民安稳致富规划，通过政府扶持和移民自我投入，促进发展特色农业、高效农业、生态农业。通过农村信贷等多种途径，支持开展二三产业的自主创业。建立培训工作机制，提高移民发展致富的造血功能，逐步实现了移民身安、心安、业安，移民生活水平总体高于搬迁前同期水平，自我发展能力不断增强。
东、 中线一期工程沿线各省市充分利用包干条件，创造性地开展工作，实事求是地解决征迁中的实际问题，有效化解了与高铁、高速公路等工程项目征迁补偿标准不一、同地不同价难题，营造了良好的征迁和建设环境。
东、中线万平方米，遇真宫等一批国家重要文物得到妥善保护，树立了在工程建设中切实做好文物保护工作、尊重历史和文化的典范。
2008年10月31日，南水北调工程建委会第三次会议确定了工程建设目标：东线年通水；中线年汛后通水。
由于种种原因，工程开建以后进展缓慢，至2009年底前8年共完成投资390亿元，约占总投资的1/7，余下4年左右时间，要完成6/7左右的投资，任务十分艰巨。
2010年开始，国务院南水北调办紧紧围绕通水目标，抓要害、抓关键、抓责任落实，死盯重点项目，盯死关键节点和责任单位，建立风险项目挂牌督导、关键事项驻地督办、重点项目半月会商、全线进度季度协调、跨渠桥梁专题协调等工作机制，强化监督检查，严格奖惩措施，并简化审批流程，强化资金保障，组织科技攻关，优化施工方案，全方位提升工程建设进度。
国务院南水北调办定任务、定责任、定奖惩，签订年度目标责任书，制定进度目标K值考核体系，出台项目法人和参建单位建设目标考核奖励办法，并制定风险项目督导办法、关键节点督办考核办法等，督促激励项目法人和现场参建单位加快工程建设。同时，妥善处理征迁，减少施工扰民，并就近吸收劳动力，努力为民办事，赢得群众支持。
东、中线干线工程具有规模大、战线长、涉及领域多、参建单位多、施工环境复杂等难点，同时面临丹江口大坝加高、膨胀土（岩）渠坡处理、大型渡槽、中线穿黄隧洞建设、大型渡槽设计与施工、高填方渠道及煤矿采空区渠道安全、低扬程大流量泵站群建设、超大口径PCCP管道建设、大型渠道衬砌施工等一系列工程技术难题，质量管控难度很大。
国务院南水北调办在质量监管上持续加压，严抓不懈，实施了具有南水北调特色的查、认、罚新机制。建立了质量会商、问题评鉴、责任约谈、通报通告机制，以及质量监管五部联处机制。
在梳理施工工序、划清责任主体的基础上，先后出台质量责任追究、信用管理、质量责任终身制等一系列以责任制为核心的质量监管新办法和新措施，并联合水利部、住房城乡建设部、工商总局、国资委等建立质量监管联席会议制度。
在国家重点工程建设领域，率先组建稽察大队，实施质量飞检，突袭施工现场，成立举报中心，实行有奖举报，接受社会监督，联合驻地监督、专项稽察、质量巡查、pg电子官方网站特派监管、质量集中整治、监理专项整顿、重点项目专项监管等多种手段，实施全天候、全过程、全方位质量监管。专门邀请国内一流的设计、科研单位进行质量责任认定，并从快、从重严肃处理责任单位和责任人。
国务院南水北调办不断完善“三位一体”监管机制，并实行有奖举报，形成“三查一举”监管体系。自2010年起，通过约谈诫勉、通报、清退出场等处理参建单位136家、各级人员197名。
按照规划水质目标，东线一期沿线水质要达到地表水Ⅲ类标准，中线一期要达到地表水Ⅱ类标准。工程建设之初，东线治污一度被认为是不可能完成的任务，中线水质保护形势也异常严峻。
国务院明确了先节水后调水、先治污后通水、先环保后用水的“三先三后”原则，先后实施了东线工程治污规划、中线丹江口库区及上游水污染防治和水土保持规划、丹江口库区及上游地区经济社会发展规划等。
2012年底，东线规划确定的工业点源治理、污水处理再生利用、流域综合整治、截污导流、城市生活垃圾处理等426个治污项目全部建成，沿输水干线排污口全部关闭。针对不稳定达标断面，增补200亿元治污项目全部纳入重点流域水污染防治“十二五”规划。
东线年的治污攻坚，使昔日的“酱油河”满足了输水水质要求，又倒逼了沿线产业结构调整和转型升级，促进了治污环保法规体系健全完善，开创了重点流域治污工程新模式。
中线水源区地方政府和国家有关部门各司其职，相互配合，通过加大环保设施投入，强化污染防治监管，淘汰“两高一低”企业，专项整治入库河流，出台促进经济社会发展政策，划定了总干渠两侧及库区水源保护区，实施了库周生态隔离带和总干渠两侧生态带建设规划，加大了中央财政对水源重点生态功能区转移支付力度，本着“南北共建、互利双赢”的原则，扎实开展了受水区对水源区的对口协作，为保证清水永续北送提供了可靠的制度保障和稳定的社会基础，南水北调工程水源区水质总体保持良好，丹江口库区水质总体保持在地表水Ⅱ类标准。
酝酿半世纪，建设十余载，经过南水北调工程全体建设者不懈努力，东线月8日，中央、国家主席、主席习对东线一期工程正式通水作出重要指示，强调南水北调东线一期工程如期实现既定通水目标，取得重大进展，向为工程作出贡献的全体同志表示慰问和祝贺！南水北调工程是事关国计民生的战略性基础设施，希望大家总结经验，加强管理，再接再厉，确保工程运行平稳、水质稳定达标，优质高效完成后续工程任务，促进科学发展，造福人民群众。
2014年12月12日，南水北调中线一期工程正式通水。中央、国家主席、主席习作出重要指示，强调南水北调工程是实现我国水资源优化配置、促进经济社会可持续发展、保障和改善民生的重大战略性基础设施。经过几十万建设大军的艰苦奋斗，南水北调工程实现了中线一期工程正式通水，标志着东、中线一期工程建设目标全面实现。这是我国改革开放和社会主义现代化建设的一件大事，成果来之不易。习对工程建设取得的成就表示祝贺，向全体建设者和为工程建设作出贡献的广大干部群众表示慰问。
